Dalam waktu dekat, umat manusia telah dikalahkan oleh virus parasit bernama "Gastrea". Mereka diasingkan ke wilayah kecil dan hidup dalam keputusasaan, berdampingan dengan teror. Di dunia yang terperangkap dalam kegelapan ini-Rentaro, seorang anak laki-laki yang tinggal di dekat Tokyo dan anggota "Keamanan Sipil" - sebuah organisasi yang mengkhususkan diri dalam memerangi Gastrea - terbiasa menyelesaikan tugas-tugas berbahaya. Rekannya adalah Enju, seorang gadis muda dewasa sebelum waktunya. Mereka bertempur menggunakan kekuatan khas mereka hingga suatu hari, mereka mendapat tugas khusus dari pemerintah. Misi rahasia ini adalah untuk mencegah kehancuran Tokyo ... Berlatar dalam waktu dekat, kisah aksi heroik yang mendebarkan ini ... dimulai sekarang!
