Himeko Kurusugawa dan Chikane Himemiya adalah dua siswi SMA di Akademi Ototachibana yang bergengsi di desa fiksi Jepang, Mahoroba. Mereka juga merupakan reinkarnasi dari matahari dan miko bulan. Ketika musuh kuno mereka, Orochi (Yamata no Orochi berkepala delapan dari cerita rakyat Jepang) bangkit sekali lagi, persona tersegel gadis-gadis itu bangkit untuk mempertahankan dunia! Manga Spin-off 'Kannazuki no Miko' dan reinkarnasi alternatif ke-4 dari Himeko dan Chikane. Kannazuki No Miko - reinkarnasi alternatif pertama Kyoushiro To Towa No Sora - reinkarnasi alternatif ke-2 Zettai Shoujo Seiiki Amnesian - reinkarnasi alternatif ke-3
