Yashima adalah kota dengan 2 bagian. Upper Yashima adalah tempat manusia tinggal dengan aman di rumah mereka tanpa banyak ancaman atau kekhawatiran. Di sisi lain, Yashima Bawah, adalah tempat manusia yang tidak seberuntung itu hidup berdampingan dengan makhluk setengah binatang yang dikenal sebagai kemono, dan makhluk yang dikenal sebagai makatsuhi. Makhluk tanpa emosi atau tanda-tanda kecerdasan yang tampaknya berfungsi murni atas naluri, dan memangsa manusia dan kemono. Satu-satunya yang melindungi manusia dari makatsuhi adalah kemono dari Zero Squad. Kelas khusus dalam Akademi Akatsuki yang mengumpulkan kemono dengan kekuatan khusus dan melatih mereka tentang bagaimana menggunakan kekuatan mereka untuk melindungi manusia dan kemono dari ancaman makatsuhi. Masalahnya, manusia melihat kemono sebagai binatang berbahaya seperti makatsuhi. Yuu adalah manusia yang selalu mengalami kesialan kemana pun dia pergi. Dalam perjalanannya ke sekolah baru, ia diculik oleh kemono yang menaruh dendam pada manusia, diserang oleh makatsuhi, dan dibantu oleh seorang kemono bernama Riko. Hal berikutnya yang dia sadari, Yuu telah dipindahkan ke Zero Squad dan dipaksa untuk belajar bertarung. Ini adalah kisah Zero Squad dan pertarungan mereka untuk menemukan tempat mereka di dunia yang menganggap mereka sebagai ancaman.
