Takina Inoue, seorang gadis sekolah menengah yang bekerja sebagai anggota satuan tugas wanita pembunuh dan mata-mata yang dikenal sebagai "Lycoris" yang dikirim untuk melenyapkan penjahat dan teroris di Tokyo, dikenai sanksi oleh atasannya di agensi DA karena tidak mematuhi perintah untuk menyelamatkan seorang rekan. Dia dipindahkan untuk bekerja dengan agen Lycoris elit Chisato Nishikigi di salah satu cabang agensi, yang beroperasi di bawah naungan sebuah kafe, yang disebut "LycoReco".
