140 tahun yang lalu di Kyoto, dengan datangnya "Kapal Hitam" Amerika, muncullah seorang pejuang yang, menebang orang dengan pedangnya yang berlumuran darah, mendapatkan nama Hitokiri, pembunuh manusia! Pedang pembunuhnya membantu menutup era Bakumatsu yang bergejolak dan memangkas era progresif yang dikenal sebagai Meiji. Kemudian dia menghilang, dan dengan aliran tahun, menjadi legenda. Sepuluh tahun kemudian, nyawa seorang wanita muda terselamatkan ketika dia bertemu pendekar pedang pengembara aneh bernama Kenshin. Wanita muda itu menerima pengembara ke dojo-nya, terlepas dari masa lalunya yang penuh rahasia, dan keduanya menjadi teman yang cepat. Ketika hubungan mereka tumbuh, mereka bertemu dan mendapatkan lebih banyak teman (serta musuh), dan mereka menjadi terbiasa dengan hidup bersama. Namun, satu orang hanya bisa lari dari masa lalunya begitu lama, dan tidak lama kemudian Kenshin dipaksa untuk menghadapi kehidupan yang dia pikir telah dia tinggalkan. Sekarang, bersama dengan teman-temannya, dia harus melawan hantu masa lalunya jika dia ingin orang yang dia cintai memiliki masa depan apa pun.
